A reforma começou em outubro de 2013, com a previsão de um ano para ser concluída. Quando os trabalhos de restauração iniciaram-se, a intenção era fazer apenas uma reforma interna. Com o início da obra, foi constatado que pelo menos 70% do prédio precisava ser reconstruído. No entanto, no decorrer dos trabalhos, devido a problemas estruturais, boa parte da igreja precisou ser destruída. Era necessária a reforma, sendo que a Igreja Matriz é quase centenária, é um dos lugares importantes que os turistas que vêm para Foz e o povo dos países vizinhos freqüentam.

A demolição começou no dia 16 de outubro. Esta foi a primeira grande reforma na paróquia, que completa 91 anos no dia 24 de junho. P. Vicente, responsável pela paróquia, dizia já no início, 'o objetivo da reforma é criar um espaço mais agradável e aconchegante para receber os fieis.

A estrutura permanece a mesma, nós queremos trocar os azulejos, forros e melhorar as condições dos bancos. Queremos trazer a história original da igreja, porém, em contrapartida, com materiais mais modernos, que possam viabilizar adequado para receber os fieis'.
A reinauguração começou às 18h30 no salão paroquial, onde estavam sendo celebradas as missas, enquanto a paróquia estava em reforma, com a presença do Bispo Dom Dirceu, Bispo Emérito Dom Laurindo, Provincial Padre Vicente, Padre Mariano, religiosas e paroquianos. A cerimônia na nova igreja teve início às 19h. Foi feita a dedicação e Consagração com a devida unção, incensação e a iluminação da igreja. Depois disso, a Capela do Santíssimo Sacramento foi inaugurada.
Mesmo sendo quase totalmente reconstruído, o prédio manteve a originalidade e características arquitetônicas. O espaço interno foi ampliado e agora tem condições para acomodar 550 pessoas. A igreja ficou linda com a nova iluminação, com lustres importados. Parabéns, P. Vicente, P. Mariano, todos os paroquianos e todos os colaboradores da Paróquia São João Batista por esta bela obra.